第十七使徒被消灭后，SEELE向NERV下达命令，要EVA初号机负责执行“人类补完计划”。然而碇元度不认同SEELE的做法，拒绝执行。SEELE认定这是一种叛变的行为，决定把NERV彻底消灭。破晓时分，NERV本部突然遭到来自战略自卫队的袭击，他们对NERV的人员进行了惨无人道的大屠杀。为了保护驾驶员，葛城美里命令把精神崩溃的明日香送上二号机，并放在湖底的深处，自已就亲自去救碇真嗣。但此时的碇真嗣已经处在精神崩溃的边缘。