这一次，史酷比可酷不起来喽，连带它和队员们在第一集中获得的那些耀眼的名誉也受到了质疑。一个带着面具的神秘人挟着复仇的狂风席卷而来，他手中掌控着一架制造怪兽的机器，释放出来一批类似于翼龙幽灵、黑暗骑士、凶猛的鬼魂这样危害性极大的妖怪，城镇中的居民整日活于恐慌之中。迫于舆论和责任的双重压力，“秘密公司”的成员决定深入调查这些百年难遇的怪兽到底是基于何种原因一起出现在城镇上的。沙吉(马修·利拉德饰)和史酷比被留下来驻守在公司——这可是一个千载难逢的机会，这对总会将事情搞砸的搭档要向所有人证明自己是世界上最伟大的侦探，他们配备上了奇特、前卫的各式装扮，努力在可以隐蔽自己的情况下调查所有线索；同时，团队中的智多星维尔玛(琳达·卡德林尼饰)则盯上了一个重要的犯罪嫌疑人——罪案博物馆馆长帕特里克·怀兹利(塞斯·格林饰)；而作为领导者的佛瑞德(小弗雷迪·普林兹)及达芙妮(莎拉·米歇尔·盖拉饰)也一直在为找出为城镇带来毁灭性浩劫的神秘人物是谁而努力……难道这场恐怖袭击真的来自于恶魔的寻求复仇吗？