曾经，这个国家发生了一场由忍者们发起的大战。幸存下来的甲贺、伊贺、风魔、杂贺四个家族，各自拥有被认为具有巨大力量的〈秘传绘卷〉，以此维持彼此之间的平衡。时光流转，现代。故事发生在一个普通的城市——甲贺市。人们已经忘记了忍者的存在。甲贺忍者的〈咲耶〉是个忍者，却总想引人注目！她和朋友〈涅姆〉、〈小兰〉一起度过着“不做忍者”的日子。有一天，风魔的秘传绘卷被某个人偷走了，四个家族之间的战争再次爆发。咲耶、涅姆、小兰也被卷入战斗之中。这三个过着悠闲生活的现代人，能否在战乱的世界中生存下去呢？