前作主角・圆堂守所率领的日本代表队“闪电日本队”在FFI世界大赛获得优胜的10年后、一位最喜欢足球的少年・松风天马因为憧憬闪电十一人、以及用过足球救他的闪电标志，所以着进入雷门中学、而加入雷门足球队。不过那时受到社会高度评价而且人材辈出的足球队却已经消失、而让足球完全腐败了。不知为何、全国足球被叫作“第五部门”的组织所控制、如果不依照他们的指示踢球就不能比赛。而“第五部门”的种子选手(被京介称之为种子)・剑城京介只以一人之力就将整个雷门足球队打得遍体鳞伤。于是他们为了找回十年前的足球精神、新雷门十一人们将要和成为雷门足球队教练的圆堂一起共同奋战....