故事的舞台，由博丽灵梦开始，人类、妖精、妖怪和神明等，大家生活在一个奇特、无垠、千姿百态的看不见的世界——幻想乡魔法之森阰怪之山迷之竹林无縁冢等地区━━都出现了身份不明的“神隐”使幻想乡居民心惊胆颤为了调查异变，我们的四个主人公展开了全面的调查。但是随着时间的推移，幻想乡逐渐被不安的气氛笼罩这到底预示着什么？幻想乡之外，有什么东西在接近...